John Cooper, jr. wurde am 15. April 1922 in Los Angeles, Kalifornien, geboren. Sein Vater, John Cooper, sr., verließ die Familie als Jackie gerade einmal zwei Jahre alt war. Seine Mutter Mabel Leonard hatte in der Kindheit geschauspielert und verdiente nun ihr Geld als Bühnenpianistin. Auch ansonsten war seine Familie mütterlicherseits eng in der Unterhaltungsbranche verwurzelt. Sein Onkel Jack Leonard war Drehbuchautor, seine Tante war Schauspielerin und Ehefrau des Regisseurs Norman Taurog. Sein Stiefvater wurde der Studio-Manager C.J. Bigelow. Dass aus Jackie ein Kinderstar wurde, verwundert da wenig.
Seine ersten Rollen spielte er im Alter von drei Jahren in Komödien des Stummfilmstars Lloyd Hamilton unter dem Pseudonym "Leonard". Später spielte er in den Hauptfilmen "Fox Movietone Follies of 1929" und "Sunny Side up", beide von Regisseur David Butler. Über dessen Kontakte kam er zu einem Vorsprechen für die Kurzfilm-Serie "Our Gang" (besser bekannt als "The Little Rascals", "Die kleinen Strolche"). Er bekam die Rolle und trat erstmals in der Episode "Boxing Gloves" von 1929 auf.
In den Stummfilmen der Reihe blieb er eher im Hintergrund, doch als man auf Tonfilme umstellte, zeigte sich seine Begabung. Schließlich wurde er zu einer der Hauptfiguren, unter anderem in einer Trilogie die sich um seine Liebe zur Lehrerin Ms. Crabtree befasste.
1931 wurde er vom Produzenten von "Our Gang", Hal Roach, an Paramount Pictures ausgeliehen, um in der Comicverfilmung "Skippy" seines Onkels Norman Taurog die Hauptrolle zu spielen. Der Film wurde ein großer Erfolg und Cooper wurde mit gerade einmal neun Jahren für den Oscar als bester Schauspieler nominiert; bis heute gab es keinen jüngeren Nominierten. Obwohl Roach von Paramount 25.000 Dollar für Coopers Auftritt in dem Film erhielt, bekam Jackie selbst von Roach nur sein übliches Gehalt von 50 Dollar pro Woche.
Durch den Erfolg von "Skippy" wurde Cooper zum Star. Roach verkaufte seinen Vertrag mit Cooper im Sommer 1931 an MGM, wo er hauptsächlich mit dem Schauspieler Wallace Beery in Filmen wie "The Champ", "The Bowery" und "Treasure Island" auftrat. Während Kritiker und Publikum das Duo liebten, fühlte sich Cooper von Beery an die Seite gedrängt, wohl weil der etablierte Star Beery auf die Beliebtheit Coopers eifersüchtig gewesen sei (dies beschrieb Cooper in seiner Autobiographie).
Als er langsam erwachsen wurde, musste er feststellen, dass er nicht im konventionellen Sinne gutaussehend war und deshalb weniger Rollen bekam. Nachdem er als Soldat in den zweiten Weltkrieg zog kam seine Karriere zu einem Tiefpunkt.
1944 heiratete Cooper seine erste Ehefrau, June Horne, die ihm 1946 seinen ersten Sohn John Cooper III schenkte. Dennoch hielt die Ehe nur bis 1949.
1950 heiratete Cooper erneut, doch auch von Hildy Parks ließ er sich bald scheiden.
1954 heiratete Cooper schließlich zum dritten und letzten Mal. Seine Ehe mit Barbara Kraus, in deren Verlauf das Paar drei gemeinsame Kinder zeugte (Russell, geboren 1956; Julie, geboren 1957; Cristina, geboren 1959), hielt bis zu Barbaras Tod 2009.
Mit dem Aufkommen des Fernsehens bekam Cooper eine neue Chance. Er spielte in den Serien "The People's Choice" und "Hennesey". In den 50ern und 60ern war er hauptsächlich in Gastrollen in TV-Serien wie "Justice" und "The Twilight Zone". Zu dieser Zeit betätigte er sich auch erstmals als Regisseur. Von 1964 bis 1969 war er als Vizepräsident der Programmentwicklung bei Columbia Pictures Screen Gems tätig.
In den 70ern war Cooper in Filmen wie "The Love Machine" und "Journey into Fear" zu sehen, trat aber noch immer hauptsächlich im Fernsehen auf. Zu den Highlights gehören die TV-Filme "The Astronaut", "Dr. Dan", "The Day the Earth moved" und "Keep an Eye on Denise", sowie Auftritte in Serien wie "Hawaii 5-0", "FBI", "Columbo" und "Kojak". 1975 spielte er die Hauptrolle in der Serie "Mobile One" und dem Spin-Off-Film "Mobile Two".
Als Regisseur drehte er Episoden von "M*A*S*H", "The Rockford Files" und "Quincy", sowie beim TV-Film "Dr. Dan".
1978 wurde er als Perry White, Chefredakteur des Daily Planet, in der Comicverfilmung "Superman - The Movie" wieder einem breiteren Publikum bekannt. Dabei war er eher die Notlösung, da der ursprünglich besetzte Keenan Wynn kurz vor Drehbeginn einen Herzanfall erlitt und man dringend einen geeigneten Schauspieler mit Reisepass für die Reise zum Studio in England benötigte. Cooper war in der Rolle jedoch äußerst beliebt und blieb der Rolle auch in den drei Fortsetzungen treu.
In den 80ern war er weiterhin sowohl als Schauspieler wie auch als Regisseur aktiv. So spielte er in Serien wie "Murder, she wrote" und "For Jenny with Love" und inszenierte TV-Produktionen wie "Rodeo Girl", "Rosie: The Rosemary Clooney Story" und "The Night they saved Christmas", sowie Episoden von "Sledge Hammer", "Magnum", "Cagney & Lacey", "Superboy" und "Simon & Simon".
1989 setzte er sich offiziell zur Ruhe. Nun begann er sich mit dem Pferdesport zu beschäftigen und verbrachte Zeit mit seiner Familie. 1997 kam es zu einem Schicksalsschlag, als er seine Tochter Julie verlor. 2009 folgten weitere Schicksalsschläge, als sowohl seine Frau Barbara als auch ihre Tochter Cristina verstarben.
Jackie Cooper starb am 3. Mai 2011 in seinem Haus in Beverly Hills im Alter von 88 Jahren.