Darsteller:
* Knowle Rohrer (Adam Baldwin)
* Marita Covarrubias (Laurie Holden)
* Alex Krycek (Nicholas Lea)
* Mr. X (Steven Williams)
* Frohike (Tom Braidwood)
* Byers (Bruce Harwood)
* Langly (Dean Haglund)
* Cigarette-Smoking Man (William B. Davis)
* Deputy Director Alvin Kersh (James Pickens, Jr.)
* Dana Scully (Gillian Anderson)
* Fox Mulder (David Duchovny)
* John Doggett (Robert Patrick)
* Monica Reyes (Annabeth Gish)
* Assistant Director Walter Skinner (Mitch Pileggi)
Inhalt:
Fox Mulder erschleicht sich einen Zugang zu Mount Weather, der geheimen Forschungseinrichtung des Militärs. Eine Einsatztruppe unter Führung von Knowle Rohrer ist auf seiner Spur. Mit Alex Kryceks Hilfe versucht er zu entkommen, obwohl ihm klar ist, dass Krycek eigentlich tot sein müsste. Doch auf einen Laufsteg gelingt es Rohrer dann Mulder zu erreichen und sie kämpfen, doch Mulder gelingt es seinen Verfolger über das Geländer zu stoßen und Rohrer fällt tief hinunter und gerät in elektrische Leitungen, durch den Stromschlag wird er getötet.
Daraufhin wird Mulder in Einzelhaft gebracht und man versucht ihn einer Gehirnwäsche zu unterziehen. Er wird beschimpft, geschlagen und vom Schlaf abgehalten. Sie versuchen ihn dazu zu bringen, seine Schuld zuzugeben und zu erklären was er gesucht hätte war nicht dort. Er soll selber fordern dafür hart bestraft zu werden.
Später kommen Dana Scully und Walter Skinner in die Einrichtung. Sie wissen nicht wie lange er schon dort ist, doch er wird des Mordes an einem Militärangehörigen beschuldigt. Als sie seine Zelle betreten werden sie von Soldaten bewacht und scheinbar hat die Gehirnwäsche funktioniert, Mulder reagiert völlig unemotional. Er erzählt ihnen, er wurde gut behandelt und er versteht warum er festgehalten wird. Scully ist etwas verwirrt warum er so reagiert. Nachdem Scully und Skinner wieder fort sind erscheint Krycek in der Zelle.
John Doggett und Monica Reyes reden mit Scully und Skinner. Mulder ist angeklagt Rohrer getötet zu haben, doch Doggett meint Rohrer wäre schon früher getötet worden. Sie wissen, dass Rohrer ein Supersoldat war und eigentlich nicht getötet werden kann. Scully verlässt den Raum, sie möchte auf höherer Ebene um Gnade bitten. Alvin Kersh redet daraufhin mit einem Marine-General, der dem FBI erlaubt eine Anhörung von Mulder vor einem Militärtribunal zu starten. Doch er lässt keinen Zweifel daran aufkommen, dass er einen Schuldspruch erwartet. Eine Menge Leute mögen Mulder nicht mehr auf seinem Kreuzzug sehen, aber Kersh stimmt der Anhörung zu. Scully und Skinner gehen wieder zu Mulder in seine Zelle, wo gerade keine Wache zugegen ist und Mulder einen Hannibal Lector Witz macht. Mulder erklärt ihnen, er musste das Spiel des Militärs mitspielen, da sie ihm sonst übel zugesetzt hätten. Mulder und Scully umarmen und küssen sich lange, dann erklärt Skinner, Mulder wäre nun in großen Schwierigkeiten. Mulder möchte Skinner als Verteidiger bei Anhörung haben und meint sie könnten ihn kaum öffentlich anklagen, ohne sich selbst bloß zustellen. Dann kommen Doggett und Reyes dazu und erzählen ihnen, sie hätten herausgefunden wo Rohrers Körper versteckt wird, in Fort Marlene. Später kehrt Scully wieder alleine zu Mulders Zelle zurück, sie bittet ihn ihr zu vertrauen oder sie werden verlieren. Doch Mulder meint er könne nicht gewinnen. Das macht Scully Angst, aber Mulder glaubt zu wissen was er tut. Skinner hat ihm von Williams Adoption erzählt und Scully befürchtet Mulder könne ihr das nicht verzeihen, doch er beruhigt sie und glaubt sie hatte keine andere Wahl. Er war auf der Suche nach der Wahrheit in New Mexiko, auf Scullys Frage nach dem was entdeckt hat lächelt er nur und meint, er könne es ihr nicht sagen.
In einem karg ausgestattetem Raum beginnt nun die Anhörung vor dem Militärtribunal. Der Ankläger ist ein Anwalt des FBI und die fünf Richter sind hochrangige FBI-Führungskräfte, der Vorsitz hat Kersh. Der Ankläger ruft keine Zeugen auf, kündigt aber die eidesstattlichen Aussagen von 30 Wissenschaftlern an, die gesehen haben wie Mulder Rohrer getötet hat. Skinner bittet um eine Vertagung da er seine Hauptzeugin Marita Covarrubias nicht finden kann, doch Kersh lehnt dies ab. Dann tritt Scully als Zeugin auf. Als Wissenschaftlerin kam sie zu der Erkenntnis es gibt außerirdisches Leben und eine Verschwörung die diese Tatsache vor der Öffentlichkeit geheim halten will. Sie glaubt diese leben kam vor Millionen Jahren durch einen Meteor vom Mars auf die Erde und damit auch der außerirdische Virus. Der infizierte Lebewesen auf der Erde, doch die starben vor der letzten Eiszeit. Daraufhin lag der Virus die ganze zeit untätig in unterirdischen Ölvorkommen und erschien erst vor wenigen Jahren wieder an der Oberfläche und gab Signale an andere Außerirdische die dann im Jahre 1947 in Roswell abstürzten. Die Regierung nahm die Lebewesen gefangen, übernahm die Technologie und erfuhr so von den Plänen der Außerirdischen wieder die Herrschaft auf der Erde zu übernehmen. Scully beschreibt auch wie sie 1994 entführt wurde und vom Militär für Experimente benutzt wurde. Daraufhin wirft der Ankläger ein, für all diese Behauptungen gibt es keine Beweise und Mulder und Scully eine Liebespaar wären und daraus ihr Kind entstanden wäre. Hier fällt Scully keine brauchbare Erwiderung ein.
Als nächstes ruft Skinner Jeffrey Spender in den Zeugenstand, der bezeugt sein Vater hätte die Verschwörung angeführt, die eine Existenz von Außerirdischen vertuschen sollte. Spender und Mulder sind Halbbrüder und er beschreibt weiter wie Bill Mulder getötet wurde und Samantha Mulder entführt und für Experimente benutzt wurde. Als er damals beim FBI anfing wusste er noch nicht wofür sein Vater verantwortlich war. Der Ankläger entgegnet ihm nun in seinen FBI Berichten über Mulder hätte er ihn dagegen kaum positiv erwähnt.
In Weed Hope in New Mexico fährt ein junger Indianer auf seinem Motorrad zu einer Hütte. Im inneren der Hütte befindet sich Gibson Praise. Sie haben von Mulder Situation erfahren und Gibson macht sich zur Abreise bereit. Scully betritt wieder Mulders Zelle, sie schlägt Mulder vor eine Abmachung mit dem Tribunal zu treffen, doch der lehnt das ab. Aber Scully kämpft nicht nur für Mulder, sie kämpft für ihrer beider gemeinsame Zukunft. Nachdem sie wieder gegangen ist erscheint Mr. X in der Zelle und fragt Mulder was er nun machen würde. Mulder entgegnet, er will die Wahrheit vor das Gericht bringen, aber Mr. X glaubt "sie" hätten zuviel Macht um sich davor zu fürchten. Doch er gibt Mulder ein Stück Papier mit der Adresse von Marita. Doggett ist derweil zu Hause und telefoniert mit Fort Marlene um Rohrers Körper aufzuspüren, doch er kommt nicht ans Ziel. Reyes ist ebenfalls dort und warnt ihn jemand würde vor der Tür stehen. Sie ziehen ihre Waffen und entdecken den jungen Indianer, der möchte "ihn" nicht gefährden und meint damit Gibson Praise.
Als nächste kommt nun doch Marita Covarrubias in den Zeugenstand. Ihre frühere Position bei den Vereinten Nationen erlaubte es ihr den Interessen der Verschwörung nützlich zu sein, dem Syndikat wie sie es nennt. Sie haben an einem Impfstoff gegen den außerirdischen Virus gearbeitet und haben dabei Menschen nach ihren Impfnarben ausfindig gemacht. Sie hat in Russland Menschen gesehen die sich den Arm amputiert haben um davor verschont zu werden. Mit der Zeit lernte sie das Syndikat zu hassen, doch wurde dann selbst zum Versuchsobjekt. Das Syndikat hat nur versucht sich selber zu retten, doch eine Gruppe von Widerstandskämpfern unter den Außerirdischen die der Infektion durch Selbstverstümmelung zuvorkam hat die Verschwörung zerstört. Sie selber wollte sich diese Anhörung entziehen, da die Verschwörung doch noch weiter besteht, nun geführt von anderen. Die Supersoldaten wie Rohrer sind Außerirdische, die Menschen ersetzt haben. Dann erscheint Krycek vor Mulder, doch niemand außer Mulder kann ihn sehen. Er sagt zu Mulder, "sie" werden Marita töten, wenn sie weiter aussagt. Daraufhin fordert Mulder Skinner auf Marita gehen zu lassen, gerade als der noch mehr Details aus ihr über die Supersoldaten herausholen will. In dem Moment betritt Doggett den Raum und erklärt Skinner Gibson Praise wäre hier um auszusagen. Gibson fängt dann an seine Aussage zu machen, er hat Mulder im vergangenen Jahr in der Wüster versteckt und bemerkt außerdem er könne Gedanken lesen. Er sieht sich im Raum um und ließt die Gedanken der Anwesenden und eröffnet ihnen dann, dass einer der Richter ein Außerirdischer wäre. Mulder springt auf und schreit er wolle die Richter untersuchen, aber er stürzt und wird dann gewaltsam aus dem Raum gebracht.
(Ende der ersten Stunde dieser Doppelfolge)
Marinesoldaten bringen Mulder zu einem Besprechungszimmer damit er mit Doggett, Reyes und Skinner reden kann. Gibson ist bei Scully und in Sicherheit, er fühlt, dass drei der Richter Zweifel bekommen haben. Sie ermutigen Mulder selber auszusagen, als er das weiterhin ablehnt, wollen Doggett und Reyes stattdessen in den Zeugenstand treten. Doggett kommt als erster an die Reihe, er redet über die Supersoldaten und Rohrer, der einer von ihnen war. Mulder kann ihn nicht getötet haben, denn das ist nur durch das Metall Magnetit geschehen. Im Kreuzverhör weist der Ankläger daraufhin, die Theorie nach der die Supersoldaten Außerirdische sind basiert auf Mulders Theorie und Doggett kann nicht schwören das zu glauben. Dann tritt Reyes in den Zeugenstand, sie beschreibt wie Scully bei ihrer Geburt von Außerirdischen umgeben war, darunter auch von dem der erschossen wurde aber dabei nicht starb. Scully war eine von vielen Frauen die als Ersatzmütter genutzt wurden, aber ihr Kind war für die Supersoldaten besonders wichtig, wegen der Kräfte die es hat. Doch William kann seine Kräfte natürlich nicht selber vorführen. Als der Ankläger sie gehen lassen will, fragt sie warum es denn hier eigentlich geht, soll die Wahrheit gefunden oder zerstört werden, damit sie niemand mehr finden kann. Sie schaut Kersh an und meint, "egal auf welche Weise, Sie verlieren".
In der Nacht fahren Doggett und Reyes zu Scullys Wohnung. Doggett hat am Ende doch noch jemand in Fort Marlene gefunden der ihn nicht abgewimmelt hat. Der angebliche Körper von Rohrer ist nach Quantico gebracht worden und Scully soll ihn untersuchen. Dafür bleibt Doggett bei Gibson und Reyes fährt mit Scully nach Quantico um sich den verbrannten Körper anzusehen. Reyes soll die Akten von Rohrer besorgen, während Scully ihn untersucht. Später sagt Scully dann wieder vor dem Tribunal aus, nach ihrer Untersuchung ist die verbrannte Person nicht Rohrer. Doch Kersh weist sie aus dem Raum, da sie ohne Auftrag gehandelt hat und unterbricht die Verhandlung.
Später kommen die fünf Richter wieder in den Raum, sie haben eine Entscheidung gefasst, Mulder ist des Mordes schuldig. Vor dem Urteilsspruch darf Mulder noch einmal das Wort ergreifen. Er gratuliert ihnen zu ihrem Erfolg, wo soviel andere vorher versagt haben. Genug Lügen brauchen die Wahrheit nicht zu fürchten, doch die Wahrheit kann nicht auf ewig begraben werden. Auch wenn sie es versuchen, die Wahrheit ist irgendwo dort draußen. Als er spricht sieht er hinter den Richtern die Erscheinungen von Mr. X und Krycek. Er erzählt den Richtern dann noch sie sollen sich keine Kopfschmerzen machen, die Sorge wird ihnen noch genommen, auch wenn sie dabei ihren Kopf verlieren. Scully, Doggett und Reyes sitzen und Scullys Wohnung und warten auf die Neuigkeiten. Dann ruft Skinner an und teilt ihnen mit Mulder wurde zum Tod durch die Giftspritze verurteilt. Scully fängt an zu weinen.
Dann fährt Rohrer vor dem Marinestützpunkt vor und wird hineingelassen. Gleichzeitig kommen Doggett und Skinner in Mulders Zelle, sie wollen ihm zur Flucht verhelfen. Skinner hat Schlüssel die ihnen den Weg nach draußen ermöglichen und sie laufen durch die Gänge des Stützpunktes. Als Rohrer in die Zelle kommt sind sie schon fort. Dann ertönt der Alarm. Die drei sind immer noch auf der Flucht als sie Kersh treffen, der ihnen erklärt auf dem Weg den sie eingeschlagen haben werden sie nie herauskommen. Er meint er würde nun tun, was er von Anfang an hätte tun sollen und hilft ihnen hinaus zu einem wartendem Auto. Sie fahren dorthin wo Scully, Reyes und Gibson schon auf sie mit einem weiterem Auto warten. Kersh fordert sie auf in den Norden nach Kanada zu fahren und ein Flugzeug zu nehmen, um sicher zu sein müssten sie den Kontinent verlassen. Mulder und Scully fahren los, doch sie fahren nach Süden. Mulder möchte einen Mann treffen der die Wahrheit kennt. Doggett und Reyes bringen Gibson in das X-Files Büro, doch dort wurde die komplette Einrichtung und die Akten entfernt. Skinner geht dann mit ihnen in das Büro von Kersh, an der Tür treffen sie aber einen Agenten, den man kurz zuvor noch als Supersoldaten gesehen hat. Nur Skinner darf in das Büro und Gibson meint der Agent wüsste wohin Mulder und Scully fahren und "sie" werden sie töten.
Mulder und Scully sind derweil an der Grenze von Texas und New Mexico angekommen. Mulder hält den Wagen an und gibt Scully einen Kuss, als sie noch schläft. Dann steigt er aus dem Wagen um auszutreten, dabei trifft er die Geister der Lone Gunmen. Sie fragen ihn warum er sein Glück riskiert und Mulder erklärt ihnen er will versuchen die Wahrheit zu ändern. Dann steigt er wieder in den Wagen und fährt weiter. Später kommen sie in einem altem Anasazi Dorf an, sie sehen Rauch von einem Feuer, jemand lebt noch dort. Sie klettern die Leitern des Pueblo hinauf und finden eine Navajo Frau beim Kochen vor. Mulder sagt, er hätte eine Nachricht und einen Schlüssel zu der Marineeinrichtung von einem weisen Mann bekommen der in den Ruinen des Dorfes lebt, dem Hüter der Wahrheit.
Doggett und Reyes fliegen derweil im Hubschrauber über die Wüste und halten Ausschau nach Mulder und Scully. Mulder und Scully treffen inzwischen auf den weisen Mann, es ist der CSM, mit langem grauem Haar aber er hat noch mit seinem Gerät was ihm in die Kehle eingesetzt wurde. Er sagt Mulder wüsste nun die Wahrheit, die er in der Marinebasis gefunden hat, doch Mulder weigert sich darüber zu reden, auch wenn er damit sein Leben retten könnte. Weise Männer der Indianer versteckten sich in diesem Pueblo als die Außerirdischen ihre Kultur zerstörten. Das Pueblo besteht aus Magnetit und ist dadurch sicher vor dem Zugriff der Außerirdischen. Diese weisen Männer waren die erste "Schattenregierung". Der Cigarette Smoking Man möchte Scully die Geschichte erzählen, eine Geschichte die seit Truman jeden Präsidenten schockiert hat. Die Mayas fürchteten sich so sehr, dass sie ihren Kalender am Tag der finalen Invasion, am 22. Dezember 2012 enden ließen. Mulder sah dieses Datum in der Anlage in Mount Weather wo unsere eigene geheime Regierung sich versteckt wenn die Invasion beginnt. Der CSM hat Mulder all die Jahre beschützt und auf diesen Punkt gewartet.
Als zwei schwarze Helikopter durch die Canyons der Wüste angeflogen kommen verlassen Doggett und Reyes ihren eigenen Helikopter. Als sie am Pueblo ankommen erscheint auch Rohrer. Als er sich nähert schießt Doggett auf ihn. Die Schüssen machen ihm nichts aus, doch als er sich weiter nähert, wirkt sich das Magnetit auf ihn aus und er explodiert in einer Staubwolke. Doggett und Reyes rennen weiter und treffen Mulder und Scully, die aus dem Pueblo kommen. Sie wissen wo ihr seit und ihr müsst verschwinden ruft Doggett ihnen zu, Mulder und Scully nehmen nun Rohrers Wagen und fahren fort und Doggett und Reyes bleiben in Mulders und Scullys Wagen zurück als die Helikopter kommen und das Pueblo mit Raketen zerstören. Eine Rakete dringt direkt in den Raum ein, wo der CSM sitzt und explodiert in einem Feuerball.
In Roswell, New Mexico, sitzen Mulder und Scully in einem Motelzimmer. Offensichtlich glaubt die Regierung nun sie wären tot, bei dem Angriff auf das Pueblo umgekommen. Scully sitzt im Bademantel auf dem Bett, während Mulder auf dem Boden sitzt. Mulder erinnert sich an das Motelzimmer aus ihrem ersten gemeinsamen Fall. Er wollte sie von der Wahrheit überzeugen und hat es vielleicht geschafft, doch es war als hätte er Monster mit einem Schmetterlingsnetz gejagt. Er hat ihr nicht erzählt was er herausgefunden hat, da er seine Niederlage nicht eingestehen wollte. Er hat befürchtet das würde ihr schaden und sie fragt ihn warum sie das akzeptieren sollte, wenn er es nicht kann. Man versagt nur wenn man aufgibt und Scully wüsste, dass Mulder nicht aufgibt, auch jetzt nicht. Wenn das die Wahrheit war nach der er gesucht hat, was bleibt dann noch um zu glauben, fragt sie ihn weiter. Er antwortet, er möchte glauben die Toten sind nicht wirklich fort und wenn wir auf sie hören, können sie uns die Kraft gegen uns selbst zu retten. Daraufhin entgegnet Scully, "wir glauben an das gleiche." Dann legt sich Mulder auf das Bett und sie umarmen sich. "Vielleicht gibt es eine Hoffnung," sagt er als die Episode und damit die Serie endet.
Quelle
* Knowle Rohrer (Adam Baldwin)
* Marita Covarrubias (Laurie Holden)
* Alex Krycek (Nicholas Lea)
* Mr. X (Steven Williams)
* Frohike (Tom Braidwood)
* Byers (Bruce Harwood)
* Langly (Dean Haglund)
* Cigarette-Smoking Man (William B. Davis)
* Deputy Director Alvin Kersh (James Pickens, Jr.)
* Dana Scully (Gillian Anderson)
* Fox Mulder (David Duchovny)
* John Doggett (Robert Patrick)
* Monica Reyes (Annabeth Gish)
* Assistant Director Walter Skinner (Mitch Pileggi)
Inhalt:
Fox Mulder erschleicht sich einen Zugang zu Mount Weather, der geheimen Forschungseinrichtung des Militärs. Eine Einsatztruppe unter Führung von Knowle Rohrer ist auf seiner Spur. Mit Alex Kryceks Hilfe versucht er zu entkommen, obwohl ihm klar ist, dass Krycek eigentlich tot sein müsste. Doch auf einen Laufsteg gelingt es Rohrer dann Mulder zu erreichen und sie kämpfen, doch Mulder gelingt es seinen Verfolger über das Geländer zu stoßen und Rohrer fällt tief hinunter und gerät in elektrische Leitungen, durch den Stromschlag wird er getötet.
Daraufhin wird Mulder in Einzelhaft gebracht und man versucht ihn einer Gehirnwäsche zu unterziehen. Er wird beschimpft, geschlagen und vom Schlaf abgehalten. Sie versuchen ihn dazu zu bringen, seine Schuld zuzugeben und zu erklären was er gesucht hätte war nicht dort. Er soll selber fordern dafür hart bestraft zu werden.
Später kommen Dana Scully und Walter Skinner in die Einrichtung. Sie wissen nicht wie lange er schon dort ist, doch er wird des Mordes an einem Militärangehörigen beschuldigt. Als sie seine Zelle betreten werden sie von Soldaten bewacht und scheinbar hat die Gehirnwäsche funktioniert, Mulder reagiert völlig unemotional. Er erzählt ihnen, er wurde gut behandelt und er versteht warum er festgehalten wird. Scully ist etwas verwirrt warum er so reagiert. Nachdem Scully und Skinner wieder fort sind erscheint Krycek in der Zelle.
John Doggett und Monica Reyes reden mit Scully und Skinner. Mulder ist angeklagt Rohrer getötet zu haben, doch Doggett meint Rohrer wäre schon früher getötet worden. Sie wissen, dass Rohrer ein Supersoldat war und eigentlich nicht getötet werden kann. Scully verlässt den Raum, sie möchte auf höherer Ebene um Gnade bitten. Alvin Kersh redet daraufhin mit einem Marine-General, der dem FBI erlaubt eine Anhörung von Mulder vor einem Militärtribunal zu starten. Doch er lässt keinen Zweifel daran aufkommen, dass er einen Schuldspruch erwartet. Eine Menge Leute mögen Mulder nicht mehr auf seinem Kreuzzug sehen, aber Kersh stimmt der Anhörung zu. Scully und Skinner gehen wieder zu Mulder in seine Zelle, wo gerade keine Wache zugegen ist und Mulder einen Hannibal Lector Witz macht. Mulder erklärt ihnen, er musste das Spiel des Militärs mitspielen, da sie ihm sonst übel zugesetzt hätten. Mulder und Scully umarmen und küssen sich lange, dann erklärt Skinner, Mulder wäre nun in großen Schwierigkeiten. Mulder möchte Skinner als Verteidiger bei Anhörung haben und meint sie könnten ihn kaum öffentlich anklagen, ohne sich selbst bloß zustellen. Dann kommen Doggett und Reyes dazu und erzählen ihnen, sie hätten herausgefunden wo Rohrers Körper versteckt wird, in Fort Marlene. Später kehrt Scully wieder alleine zu Mulders Zelle zurück, sie bittet ihn ihr zu vertrauen oder sie werden verlieren. Doch Mulder meint er könne nicht gewinnen. Das macht Scully Angst, aber Mulder glaubt zu wissen was er tut. Skinner hat ihm von Williams Adoption erzählt und Scully befürchtet Mulder könne ihr das nicht verzeihen, doch er beruhigt sie und glaubt sie hatte keine andere Wahl. Er war auf der Suche nach der Wahrheit in New Mexiko, auf Scullys Frage nach dem was entdeckt hat lächelt er nur und meint, er könne es ihr nicht sagen.
In einem karg ausgestattetem Raum beginnt nun die Anhörung vor dem Militärtribunal. Der Ankläger ist ein Anwalt des FBI und die fünf Richter sind hochrangige FBI-Führungskräfte, der Vorsitz hat Kersh. Der Ankläger ruft keine Zeugen auf, kündigt aber die eidesstattlichen Aussagen von 30 Wissenschaftlern an, die gesehen haben wie Mulder Rohrer getötet hat. Skinner bittet um eine Vertagung da er seine Hauptzeugin Marita Covarrubias nicht finden kann, doch Kersh lehnt dies ab. Dann tritt Scully als Zeugin auf. Als Wissenschaftlerin kam sie zu der Erkenntnis es gibt außerirdisches Leben und eine Verschwörung die diese Tatsache vor der Öffentlichkeit geheim halten will. Sie glaubt diese leben kam vor Millionen Jahren durch einen Meteor vom Mars auf die Erde und damit auch der außerirdische Virus. Der infizierte Lebewesen auf der Erde, doch die starben vor der letzten Eiszeit. Daraufhin lag der Virus die ganze zeit untätig in unterirdischen Ölvorkommen und erschien erst vor wenigen Jahren wieder an der Oberfläche und gab Signale an andere Außerirdische die dann im Jahre 1947 in Roswell abstürzten. Die Regierung nahm die Lebewesen gefangen, übernahm die Technologie und erfuhr so von den Plänen der Außerirdischen wieder die Herrschaft auf der Erde zu übernehmen. Scully beschreibt auch wie sie 1994 entführt wurde und vom Militär für Experimente benutzt wurde. Daraufhin wirft der Ankläger ein, für all diese Behauptungen gibt es keine Beweise und Mulder und Scully eine Liebespaar wären und daraus ihr Kind entstanden wäre. Hier fällt Scully keine brauchbare Erwiderung ein.
Als nächstes ruft Skinner Jeffrey Spender in den Zeugenstand, der bezeugt sein Vater hätte die Verschwörung angeführt, die eine Existenz von Außerirdischen vertuschen sollte. Spender und Mulder sind Halbbrüder und er beschreibt weiter wie Bill Mulder getötet wurde und Samantha Mulder entführt und für Experimente benutzt wurde. Als er damals beim FBI anfing wusste er noch nicht wofür sein Vater verantwortlich war. Der Ankläger entgegnet ihm nun in seinen FBI Berichten über Mulder hätte er ihn dagegen kaum positiv erwähnt.
In Weed Hope in New Mexico fährt ein junger Indianer auf seinem Motorrad zu einer Hütte. Im inneren der Hütte befindet sich Gibson Praise. Sie haben von Mulder Situation erfahren und Gibson macht sich zur Abreise bereit. Scully betritt wieder Mulders Zelle, sie schlägt Mulder vor eine Abmachung mit dem Tribunal zu treffen, doch der lehnt das ab. Aber Scully kämpft nicht nur für Mulder, sie kämpft für ihrer beider gemeinsame Zukunft. Nachdem sie wieder gegangen ist erscheint Mr. X in der Zelle und fragt Mulder was er nun machen würde. Mulder entgegnet, er will die Wahrheit vor das Gericht bringen, aber Mr. X glaubt "sie" hätten zuviel Macht um sich davor zu fürchten. Doch er gibt Mulder ein Stück Papier mit der Adresse von Marita. Doggett ist derweil zu Hause und telefoniert mit Fort Marlene um Rohrers Körper aufzuspüren, doch er kommt nicht ans Ziel. Reyes ist ebenfalls dort und warnt ihn jemand würde vor der Tür stehen. Sie ziehen ihre Waffen und entdecken den jungen Indianer, der möchte "ihn" nicht gefährden und meint damit Gibson Praise.
Als nächste kommt nun doch Marita Covarrubias in den Zeugenstand. Ihre frühere Position bei den Vereinten Nationen erlaubte es ihr den Interessen der Verschwörung nützlich zu sein, dem Syndikat wie sie es nennt. Sie haben an einem Impfstoff gegen den außerirdischen Virus gearbeitet und haben dabei Menschen nach ihren Impfnarben ausfindig gemacht. Sie hat in Russland Menschen gesehen die sich den Arm amputiert haben um davor verschont zu werden. Mit der Zeit lernte sie das Syndikat zu hassen, doch wurde dann selbst zum Versuchsobjekt. Das Syndikat hat nur versucht sich selber zu retten, doch eine Gruppe von Widerstandskämpfern unter den Außerirdischen die der Infektion durch Selbstverstümmelung zuvorkam hat die Verschwörung zerstört. Sie selber wollte sich diese Anhörung entziehen, da die Verschwörung doch noch weiter besteht, nun geführt von anderen. Die Supersoldaten wie Rohrer sind Außerirdische, die Menschen ersetzt haben. Dann erscheint Krycek vor Mulder, doch niemand außer Mulder kann ihn sehen. Er sagt zu Mulder, "sie" werden Marita töten, wenn sie weiter aussagt. Daraufhin fordert Mulder Skinner auf Marita gehen zu lassen, gerade als der noch mehr Details aus ihr über die Supersoldaten herausholen will. In dem Moment betritt Doggett den Raum und erklärt Skinner Gibson Praise wäre hier um auszusagen. Gibson fängt dann an seine Aussage zu machen, er hat Mulder im vergangenen Jahr in der Wüster versteckt und bemerkt außerdem er könne Gedanken lesen. Er sieht sich im Raum um und ließt die Gedanken der Anwesenden und eröffnet ihnen dann, dass einer der Richter ein Außerirdischer wäre. Mulder springt auf und schreit er wolle die Richter untersuchen, aber er stürzt und wird dann gewaltsam aus dem Raum gebracht.
(Ende der ersten Stunde dieser Doppelfolge)
Marinesoldaten bringen Mulder zu einem Besprechungszimmer damit er mit Doggett, Reyes und Skinner reden kann. Gibson ist bei Scully und in Sicherheit, er fühlt, dass drei der Richter Zweifel bekommen haben. Sie ermutigen Mulder selber auszusagen, als er das weiterhin ablehnt, wollen Doggett und Reyes stattdessen in den Zeugenstand treten. Doggett kommt als erster an die Reihe, er redet über die Supersoldaten und Rohrer, der einer von ihnen war. Mulder kann ihn nicht getötet haben, denn das ist nur durch das Metall Magnetit geschehen. Im Kreuzverhör weist der Ankläger daraufhin, die Theorie nach der die Supersoldaten Außerirdische sind basiert auf Mulders Theorie und Doggett kann nicht schwören das zu glauben. Dann tritt Reyes in den Zeugenstand, sie beschreibt wie Scully bei ihrer Geburt von Außerirdischen umgeben war, darunter auch von dem der erschossen wurde aber dabei nicht starb. Scully war eine von vielen Frauen die als Ersatzmütter genutzt wurden, aber ihr Kind war für die Supersoldaten besonders wichtig, wegen der Kräfte die es hat. Doch William kann seine Kräfte natürlich nicht selber vorführen. Als der Ankläger sie gehen lassen will, fragt sie warum es denn hier eigentlich geht, soll die Wahrheit gefunden oder zerstört werden, damit sie niemand mehr finden kann. Sie schaut Kersh an und meint, "egal auf welche Weise, Sie verlieren".
In der Nacht fahren Doggett und Reyes zu Scullys Wohnung. Doggett hat am Ende doch noch jemand in Fort Marlene gefunden der ihn nicht abgewimmelt hat. Der angebliche Körper von Rohrer ist nach Quantico gebracht worden und Scully soll ihn untersuchen. Dafür bleibt Doggett bei Gibson und Reyes fährt mit Scully nach Quantico um sich den verbrannten Körper anzusehen. Reyes soll die Akten von Rohrer besorgen, während Scully ihn untersucht. Später sagt Scully dann wieder vor dem Tribunal aus, nach ihrer Untersuchung ist die verbrannte Person nicht Rohrer. Doch Kersh weist sie aus dem Raum, da sie ohne Auftrag gehandelt hat und unterbricht die Verhandlung.
Später kommen die fünf Richter wieder in den Raum, sie haben eine Entscheidung gefasst, Mulder ist des Mordes schuldig. Vor dem Urteilsspruch darf Mulder noch einmal das Wort ergreifen. Er gratuliert ihnen zu ihrem Erfolg, wo soviel andere vorher versagt haben. Genug Lügen brauchen die Wahrheit nicht zu fürchten, doch die Wahrheit kann nicht auf ewig begraben werden. Auch wenn sie es versuchen, die Wahrheit ist irgendwo dort draußen. Als er spricht sieht er hinter den Richtern die Erscheinungen von Mr. X und Krycek. Er erzählt den Richtern dann noch sie sollen sich keine Kopfschmerzen machen, die Sorge wird ihnen noch genommen, auch wenn sie dabei ihren Kopf verlieren. Scully, Doggett und Reyes sitzen und Scullys Wohnung und warten auf die Neuigkeiten. Dann ruft Skinner an und teilt ihnen mit Mulder wurde zum Tod durch die Giftspritze verurteilt. Scully fängt an zu weinen.
Dann fährt Rohrer vor dem Marinestützpunkt vor und wird hineingelassen. Gleichzeitig kommen Doggett und Skinner in Mulders Zelle, sie wollen ihm zur Flucht verhelfen. Skinner hat Schlüssel die ihnen den Weg nach draußen ermöglichen und sie laufen durch die Gänge des Stützpunktes. Als Rohrer in die Zelle kommt sind sie schon fort. Dann ertönt der Alarm. Die drei sind immer noch auf der Flucht als sie Kersh treffen, der ihnen erklärt auf dem Weg den sie eingeschlagen haben werden sie nie herauskommen. Er meint er würde nun tun, was er von Anfang an hätte tun sollen und hilft ihnen hinaus zu einem wartendem Auto. Sie fahren dorthin wo Scully, Reyes und Gibson schon auf sie mit einem weiterem Auto warten. Kersh fordert sie auf in den Norden nach Kanada zu fahren und ein Flugzeug zu nehmen, um sicher zu sein müssten sie den Kontinent verlassen. Mulder und Scully fahren los, doch sie fahren nach Süden. Mulder möchte einen Mann treffen der die Wahrheit kennt. Doggett und Reyes bringen Gibson in das X-Files Büro, doch dort wurde die komplette Einrichtung und die Akten entfernt. Skinner geht dann mit ihnen in das Büro von Kersh, an der Tür treffen sie aber einen Agenten, den man kurz zuvor noch als Supersoldaten gesehen hat. Nur Skinner darf in das Büro und Gibson meint der Agent wüsste wohin Mulder und Scully fahren und "sie" werden sie töten.
Mulder und Scully sind derweil an der Grenze von Texas und New Mexico angekommen. Mulder hält den Wagen an und gibt Scully einen Kuss, als sie noch schläft. Dann steigt er aus dem Wagen um auszutreten, dabei trifft er die Geister der Lone Gunmen. Sie fragen ihn warum er sein Glück riskiert und Mulder erklärt ihnen er will versuchen die Wahrheit zu ändern. Dann steigt er wieder in den Wagen und fährt weiter. Später kommen sie in einem altem Anasazi Dorf an, sie sehen Rauch von einem Feuer, jemand lebt noch dort. Sie klettern die Leitern des Pueblo hinauf und finden eine Navajo Frau beim Kochen vor. Mulder sagt, er hätte eine Nachricht und einen Schlüssel zu der Marineeinrichtung von einem weisen Mann bekommen der in den Ruinen des Dorfes lebt, dem Hüter der Wahrheit.
Doggett und Reyes fliegen derweil im Hubschrauber über die Wüste und halten Ausschau nach Mulder und Scully. Mulder und Scully treffen inzwischen auf den weisen Mann, es ist der CSM, mit langem grauem Haar aber er hat noch mit seinem Gerät was ihm in die Kehle eingesetzt wurde. Er sagt Mulder wüsste nun die Wahrheit, die er in der Marinebasis gefunden hat, doch Mulder weigert sich darüber zu reden, auch wenn er damit sein Leben retten könnte. Weise Männer der Indianer versteckten sich in diesem Pueblo als die Außerirdischen ihre Kultur zerstörten. Das Pueblo besteht aus Magnetit und ist dadurch sicher vor dem Zugriff der Außerirdischen. Diese weisen Männer waren die erste "Schattenregierung". Der Cigarette Smoking Man möchte Scully die Geschichte erzählen, eine Geschichte die seit Truman jeden Präsidenten schockiert hat. Die Mayas fürchteten sich so sehr, dass sie ihren Kalender am Tag der finalen Invasion, am 22. Dezember 2012 enden ließen. Mulder sah dieses Datum in der Anlage in Mount Weather wo unsere eigene geheime Regierung sich versteckt wenn die Invasion beginnt. Der CSM hat Mulder all die Jahre beschützt und auf diesen Punkt gewartet.
Als zwei schwarze Helikopter durch die Canyons der Wüste angeflogen kommen verlassen Doggett und Reyes ihren eigenen Helikopter. Als sie am Pueblo ankommen erscheint auch Rohrer. Als er sich nähert schießt Doggett auf ihn. Die Schüssen machen ihm nichts aus, doch als er sich weiter nähert, wirkt sich das Magnetit auf ihn aus und er explodiert in einer Staubwolke. Doggett und Reyes rennen weiter und treffen Mulder und Scully, die aus dem Pueblo kommen. Sie wissen wo ihr seit und ihr müsst verschwinden ruft Doggett ihnen zu, Mulder und Scully nehmen nun Rohrers Wagen und fahren fort und Doggett und Reyes bleiben in Mulders und Scullys Wagen zurück als die Helikopter kommen und das Pueblo mit Raketen zerstören. Eine Rakete dringt direkt in den Raum ein, wo der CSM sitzt und explodiert in einem Feuerball.
In Roswell, New Mexico, sitzen Mulder und Scully in einem Motelzimmer. Offensichtlich glaubt die Regierung nun sie wären tot, bei dem Angriff auf das Pueblo umgekommen. Scully sitzt im Bademantel auf dem Bett, während Mulder auf dem Boden sitzt. Mulder erinnert sich an das Motelzimmer aus ihrem ersten gemeinsamen Fall. Er wollte sie von der Wahrheit überzeugen und hat es vielleicht geschafft, doch es war als hätte er Monster mit einem Schmetterlingsnetz gejagt. Er hat ihr nicht erzählt was er herausgefunden hat, da er seine Niederlage nicht eingestehen wollte. Er hat befürchtet das würde ihr schaden und sie fragt ihn warum sie das akzeptieren sollte, wenn er es nicht kann. Man versagt nur wenn man aufgibt und Scully wüsste, dass Mulder nicht aufgibt, auch jetzt nicht. Wenn das die Wahrheit war nach der er gesucht hat, was bleibt dann noch um zu glauben, fragt sie ihn weiter. Er antwortet, er möchte glauben die Toten sind nicht wirklich fort und wenn wir auf sie hören, können sie uns die Kraft gegen uns selbst zu retten. Daraufhin entgegnet Scully, "wir glauben an das gleiche." Dann legt sich Mulder auf das Bett und sie umarmen sich. "Vielleicht gibt es eine Hoffnung," sagt er als die Episode und damit die Serie endet.