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In North Carolina findet die Beerdigung für Mulder statt. Unter den Anwesenden sind Doggett, die Gunmen, Skinner, Dana Scully und ihre Mutter. Der Pastor zitiert aus der Bibel: "Whosoever believeth in me shall never die." Scully bemerkt leise gegenüber Skinner, daß nun alle aus Mulders Familie fort sind, doch die Wahrheit die er herausfinden wollte ihm immer verborgen blieb. Sie kann überhaupt nicht glauben nun hier an seinem Grab zu stehen. Dann nimmt sie eine Handvoll Erde und wirft sie hinein.
Drei Monate später. Doggett und Skinner treffen sich bei Kersh. Er lobt sie und hebt ihre Anstrengungen bei der Suche nach Mulder hervor. Kersh hat Skinner außerdem gebeten Doggett von den X-Files versetzen zu lassen und Doggett wird für eine Beförderung vorgeschlagen. Doggett dankt Kersh, erbittet aber etwas Bedenkzeit. Im Büro der X-Files unterhalten sich Doggett und Scully danach, bei Scully sieht man inzwischen deutlich ihre Schwangerschaft. Skinner erzählt Scully von dem Treffen bei Kersh und sie meint er wäre verrückt, wenn er bei den X-Files bliebe. Er erwidert aber in sechs Wochen würde sie wegen ihrer Schwangerschaft fort sein, wenn er auch ginge würde die Tür zu den X-Files möglicherweise für immer verschlossen. Er hat immer noch viele offene Fragen über Mulders Fall, für ihn ist die Sache keinesfalls abgeschlossen. Aber Scully meint er sollte gehen solange er es noch kann.
Während eines Sturmes vor der Küste von North Carolina sieht die Crew etwas im Wasser, offensichtlich ein menschlicher Körper. Einige Zeit später beginnt der Leichenbeschauer mit seiner Untersuchung, doch der Körper der scheinbar schon lange im Wasser lag beginnt sich zu bewegen. Kurz darauf bekommt zu Hause Doggett einen Anruf von Skinner. Der aufgefundene Körper ist der von Billy Miles und er ist nun in Wilmington, NC und lebt. Skinner und Doggett fahren daraufhin gemeinsam zu dem Friedhof auf dem Mulder beerdigt wurde. Skinner ist entschlossen das Grab zu öffnen, doch Doggett meint das wäre eine verrückte Idee. Aber Skinner fühlt wenn Billy Miles scheinbar tot war und nun lebt könnte das bei Mulder auch so sein, auch wenn schon drei Monate vergangen sind. Dann kommt der lokale Leichenbeschauer dazu, doch Skinner schafft den Sarg zu dem Leichenbeschauer der auch Billy untersucht hat. Sie öffnen den Sarg und finden Mulder, der schon Anzeichen von Verwesung zeigt. Er dürfte wirklich tot sein.
Im US Naval Academy Medical Center erscheint Scully und möchte von Skinner wissen ob das was sie gehört hat wahr wäre. Medizinisch ist Mulder nun tatsächlich noch am leben, aber sein Körper und Gehirn sind in einem weit fortgeschrittenem Verfallsstadium. Doggett meint sie sollte ihn nicht sehen, doch sie betritt den Raum um Mulder zu sehen. Sie berührt seien Brust um seine Atmung zu fühlen und legt dann ihren Kopf auf seine Brust und schreit. Wieder im FBI Hauptquartier wird Doggett mitten in der Nacht in Kershs Büro gerufen. Kersh hat einen Anruf wegen Mulder bekommen, er meint Doggett solle die Untersuchung abschließen. Es ist schlecht für das FBI.
Im Krankenhaus schaut sich Scully derweil Billy Miles an, der unter starken Krämpfen leidet seit sie da ist. Scully versucht es einer Schwester zu erklären, sie wollte nur sehen ob es Billy besser geht und sah wie auf dem Monitor für einen Moment plötzlich zwei Herzschläge erschienen. Im FBI geht es Skinner gleichzeitig etwas schlecht. Er schwankt als er durch das Gebäude läuft und hält die Hand an seine Brust. Es liegt an den Nanobots, die ihm Alex Krycek vor Monaten eingepflanzt hat. Als er zum Fahrstuhl kommt trifft er dort auf eben diesen Krycek. Er meint Krycek solle zur Hölle gehen, aber der verursacht nur einen weiteren Anfall ihm und Skinner fragt ihn was er will. Sie gehen ins X-Files Büro und Krycek meint er wolle Skinner eine Chance geben Mulders Leben zu retten, doch Skinner glaubt ihm nicht. Aber Kyrcek erzählt ihm von einem Gegengift das Mulders Vater entwickelt hat um das außerirdische Virus zu bekämpfen.
Im Krankenhaus kommt Billy wieder zu Bewußtsein, doch sein Körper ist noch von den Wochen im Meerwasser gezeichnet. Er steigt aus dem Bett und geht unter die Dusche, wäscht dabei die tote Haut ab. Doggett geht inzwischen in Mulders Zimmer, darin sitzt Scully und hält Mulders Hand. Doggett macht sich Gedanken um Scullys Zustand, Scully meint nun zu ihm, nach ihrer ersten Reaktion auf Doggett hat sie ihre Meinung geändert. Sie ist nun froh und dankbar ihn zu kennen und schätzt seine Bemühungen, doch er hätte mit seiner Meinung das Grab nicht zu öffnen falsch gelegen. Die Wahrheit darüber was passiert sein könnte ist entscheidend. Eine Krankenschwester betritt das Zimmer und bittet Scully zu kommen, Billy Miles steht nackt und desorientiert im Flur.
Billys Körper sieht nun wieder gesund aus. Er kann sich nicht an viel erinnern als Scully ihn befragt. Er weiß noch von dem Wasser und dem Aufenthalt auf einem Raumschiff. Sie haben diesmal so viele Leute mitgenommen, doch nun versteht er es. "Sie sind hier um uns zu retten," meint er. Doggett geht hinaus und Scully folgt ihm. Sie wirft ihm vor er würde nicht dem glauben was er mit eigenen Augen sieht. Aber er erwidert er ist noch nicht bereit so einen Haufen Mist zu glauben, woraufhin Scully meint er wäre ein Dickkopf. Doggett fragt sie, ob sie die Geschichte für wahr hält, über Außerirdische die gekommen sind die Welt zu retten, doch darauf kann sie ihm keine Antwort geben. Später unterhält sich Scully mit Skinner. Er kam nachdem er von Billy gehört hat und Scully teilt ihm mit an Billy wären keine medizinischen Daten mehr völlig normal. Es scheint unsinnig zu sein, aber Billy ist eine völlig neue Person geworden. Skinner möchte wissen ob es da einen außerirdischen Einfluß gibt, wie durch ein Virus und Scully fordert ihn auf zu erzählen was er darüber weiß. Er erzählt ihr es gäbe möglicherweise einen Impfstoff, doch dafür müßten sie einen Preis zahlen. In einem Gefängnis unterhält sich Doggett später mit Absalom, er möchte etwas über die Leute wissen die Absalom scheinbar Tod auffand. Absalom zitiert nur die Bibel, doch Doggett fordert ihn auf zu erzählen wie er die Leute geheilt hat.
Skinner geht wieder in Mulders Zimmer und entdeckt dort Krycek. Der meint zu ihm, wenn er den Impfstoff haben müßte er dafür sorgen, daß Scully ihr Baby nicht bekommt. Skinner ist geschockt und lehnt das ab. Aber Krycek meint wir hätten alle das leben anderer in unseren Händen, die Frage ist welche wir opfern wollen. Gleichzeitig kommt Doggett zurück und sieht Krycek, das macht ihn mißtrauisch. Daraufhin spricht er mit Scully, die meint sie glaubt Mulder wäre von einem Virus infiziert, welches ihn nur soweit am Leben erhält um ihn in einen Außerirdischen zu transformieren. Absalom hat Doggett ebenfalls erzählt wenn die Entführten nicht geheilt werden konnten wurden sie als Außerirdische wiedergeboren, das ist Teil des Plans um die Welt zu kolonisieren. Der doppelte Herzschlag den Scully gehört hat könnte auch darauf hindeuten. Scully geht nun in einen Operationsraum, Mulders Körper wurde soweit stabilisiert um den Impfstoff zu bekommen den sie von Skinner erhalten soll. Doggett sucht nun nach Skinner, der gerade Mulder von den lebenserhaltenden Systemen trennt um ihn anscheinend zu töten. Er erzählt Doggett, Krycek wollte, daß er Scullys Baby tötet, doch das kann er nicht tun. Nun versucht Doggett Krycek zu finden und entdeckt ihn im Parkhaus. Doggett versucht ihn aus dem Auto zu ziehen, doch Krycek fährt los und am Ende muß Doggett loslassen. Doch dann stoppt Krycek und hält den Impfstoff in der Hand, aber als sich Doggett ihm nähert wirft er es auf den Boden und der Glasbehälter zersplittert und Krycek steigt ins Auto und fährt los.
Doggett kehrt wieder, ohne den Impfstoff, ins Krankenhaus zurück. Er meint zu Skinner er hätte recht, man könne Krycek nicht trauen. Dann betritt Doggett den OP, in dem Scully mit Mulder wartet. Sie hat nun realisiert, wenn sie Mulder am leben erhalten, dann helfen sie nur dem Virus zu überleben. Als Skinner die Maschinen abgeschaltet hat und Mulders Temperatur sank wurde der Virus schwächer. Aber vielleicht könnten sie ihm eine Reihe von Antivirusmitteln geben um ihm zu helfen.
Doggett wird wieder zu Kersh gerufen. Der meint es ginge wohl bei den X-Files alles drunter und drüber, mit einer Beförderung von Doggett würde es nun wohl nichts mehr werden.
Im Krankenhaus wacht derweil Mulder auf. Scully hält seine Hand und vergießt ein paar Freudentränen. "Hat mich jemand vermißt?" fragt er. Als Doggett zurückkommt und sieht was passiert zieht er sich zurück.
Drei Monate später. Doggett und Skinner treffen sich bei Kersh. Er lobt sie und hebt ihre Anstrengungen bei der Suche nach Mulder hervor. Kersh hat Skinner außerdem gebeten Doggett von den X-Files versetzen zu lassen und Doggett wird für eine Beförderung vorgeschlagen. Doggett dankt Kersh, erbittet aber etwas Bedenkzeit. Im Büro der X-Files unterhalten sich Doggett und Scully danach, bei Scully sieht man inzwischen deutlich ihre Schwangerschaft. Skinner erzählt Scully von dem Treffen bei Kersh und sie meint er wäre verrückt, wenn er bei den X-Files bliebe. Er erwidert aber in sechs Wochen würde sie wegen ihrer Schwangerschaft fort sein, wenn er auch ginge würde die Tür zu den X-Files möglicherweise für immer verschlossen. Er hat immer noch viele offene Fragen über Mulders Fall, für ihn ist die Sache keinesfalls abgeschlossen. Aber Scully meint er sollte gehen solange er es noch kann.
Während eines Sturmes vor der Küste von North Carolina sieht die Crew etwas im Wasser, offensichtlich ein menschlicher Körper. Einige Zeit später beginnt der Leichenbeschauer mit seiner Untersuchung, doch der Körper der scheinbar schon lange im Wasser lag beginnt sich zu bewegen. Kurz darauf bekommt zu Hause Doggett einen Anruf von Skinner. Der aufgefundene Körper ist der von Billy Miles und er ist nun in Wilmington, NC und lebt. Skinner und Doggett fahren daraufhin gemeinsam zu dem Friedhof auf dem Mulder beerdigt wurde. Skinner ist entschlossen das Grab zu öffnen, doch Doggett meint das wäre eine verrückte Idee. Aber Skinner fühlt wenn Billy Miles scheinbar tot war und nun lebt könnte das bei Mulder auch so sein, auch wenn schon drei Monate vergangen sind. Dann kommt der lokale Leichenbeschauer dazu, doch Skinner schafft den Sarg zu dem Leichenbeschauer der auch Billy untersucht hat. Sie öffnen den Sarg und finden Mulder, der schon Anzeichen von Verwesung zeigt. Er dürfte wirklich tot sein.
Im US Naval Academy Medical Center erscheint Scully und möchte von Skinner wissen ob das was sie gehört hat wahr wäre. Medizinisch ist Mulder nun tatsächlich noch am leben, aber sein Körper und Gehirn sind in einem weit fortgeschrittenem Verfallsstadium. Doggett meint sie sollte ihn nicht sehen, doch sie betritt den Raum um Mulder zu sehen. Sie berührt seien Brust um seine Atmung zu fühlen und legt dann ihren Kopf auf seine Brust und schreit. Wieder im FBI Hauptquartier wird Doggett mitten in der Nacht in Kershs Büro gerufen. Kersh hat einen Anruf wegen Mulder bekommen, er meint Doggett solle die Untersuchung abschließen. Es ist schlecht für das FBI.
Im Krankenhaus schaut sich Scully derweil Billy Miles an, der unter starken Krämpfen leidet seit sie da ist. Scully versucht es einer Schwester zu erklären, sie wollte nur sehen ob es Billy besser geht und sah wie auf dem Monitor für einen Moment plötzlich zwei Herzschläge erschienen. Im FBI geht es Skinner gleichzeitig etwas schlecht. Er schwankt als er durch das Gebäude läuft und hält die Hand an seine Brust. Es liegt an den Nanobots, die ihm Alex Krycek vor Monaten eingepflanzt hat. Als er zum Fahrstuhl kommt trifft er dort auf eben diesen Krycek. Er meint Krycek solle zur Hölle gehen, aber der verursacht nur einen weiteren Anfall ihm und Skinner fragt ihn was er will. Sie gehen ins X-Files Büro und Krycek meint er wolle Skinner eine Chance geben Mulders Leben zu retten, doch Skinner glaubt ihm nicht. Aber Kyrcek erzählt ihm von einem Gegengift das Mulders Vater entwickelt hat um das außerirdische Virus zu bekämpfen.
Im Krankenhaus kommt Billy wieder zu Bewußtsein, doch sein Körper ist noch von den Wochen im Meerwasser gezeichnet. Er steigt aus dem Bett und geht unter die Dusche, wäscht dabei die tote Haut ab. Doggett geht inzwischen in Mulders Zimmer, darin sitzt Scully und hält Mulders Hand. Doggett macht sich Gedanken um Scullys Zustand, Scully meint nun zu ihm, nach ihrer ersten Reaktion auf Doggett hat sie ihre Meinung geändert. Sie ist nun froh und dankbar ihn zu kennen und schätzt seine Bemühungen, doch er hätte mit seiner Meinung das Grab nicht zu öffnen falsch gelegen. Die Wahrheit darüber was passiert sein könnte ist entscheidend. Eine Krankenschwester betritt das Zimmer und bittet Scully zu kommen, Billy Miles steht nackt und desorientiert im Flur.
Billys Körper sieht nun wieder gesund aus. Er kann sich nicht an viel erinnern als Scully ihn befragt. Er weiß noch von dem Wasser und dem Aufenthalt auf einem Raumschiff. Sie haben diesmal so viele Leute mitgenommen, doch nun versteht er es. "Sie sind hier um uns zu retten," meint er. Doggett geht hinaus und Scully folgt ihm. Sie wirft ihm vor er würde nicht dem glauben was er mit eigenen Augen sieht. Aber er erwidert er ist noch nicht bereit so einen Haufen Mist zu glauben, woraufhin Scully meint er wäre ein Dickkopf. Doggett fragt sie, ob sie die Geschichte für wahr hält, über Außerirdische die gekommen sind die Welt zu retten, doch darauf kann sie ihm keine Antwort geben. Später unterhält sich Scully mit Skinner. Er kam nachdem er von Billy gehört hat und Scully teilt ihm mit an Billy wären keine medizinischen Daten mehr völlig normal. Es scheint unsinnig zu sein, aber Billy ist eine völlig neue Person geworden. Skinner möchte wissen ob es da einen außerirdischen Einfluß gibt, wie durch ein Virus und Scully fordert ihn auf zu erzählen was er darüber weiß. Er erzählt ihr es gäbe möglicherweise einen Impfstoff, doch dafür müßten sie einen Preis zahlen. In einem Gefängnis unterhält sich Doggett später mit Absalom, er möchte etwas über die Leute wissen die Absalom scheinbar Tod auffand. Absalom zitiert nur die Bibel, doch Doggett fordert ihn auf zu erzählen wie er die Leute geheilt hat.
Skinner geht wieder in Mulders Zimmer und entdeckt dort Krycek. Der meint zu ihm, wenn er den Impfstoff haben müßte er dafür sorgen, daß Scully ihr Baby nicht bekommt. Skinner ist geschockt und lehnt das ab. Aber Krycek meint wir hätten alle das leben anderer in unseren Händen, die Frage ist welche wir opfern wollen. Gleichzeitig kommt Doggett zurück und sieht Krycek, das macht ihn mißtrauisch. Daraufhin spricht er mit Scully, die meint sie glaubt Mulder wäre von einem Virus infiziert, welches ihn nur soweit am Leben erhält um ihn in einen Außerirdischen zu transformieren. Absalom hat Doggett ebenfalls erzählt wenn die Entführten nicht geheilt werden konnten wurden sie als Außerirdische wiedergeboren, das ist Teil des Plans um die Welt zu kolonisieren. Der doppelte Herzschlag den Scully gehört hat könnte auch darauf hindeuten. Scully geht nun in einen Operationsraum, Mulders Körper wurde soweit stabilisiert um den Impfstoff zu bekommen den sie von Skinner erhalten soll. Doggett sucht nun nach Skinner, der gerade Mulder von den lebenserhaltenden Systemen trennt um ihn anscheinend zu töten. Er erzählt Doggett, Krycek wollte, daß er Scullys Baby tötet, doch das kann er nicht tun. Nun versucht Doggett Krycek zu finden und entdeckt ihn im Parkhaus. Doggett versucht ihn aus dem Auto zu ziehen, doch Krycek fährt los und am Ende muß Doggett loslassen. Doch dann stoppt Krycek und hält den Impfstoff in der Hand, aber als sich Doggett ihm nähert wirft er es auf den Boden und der Glasbehälter zersplittert und Krycek steigt ins Auto und fährt los.
Doggett kehrt wieder, ohne den Impfstoff, ins Krankenhaus zurück. Er meint zu Skinner er hätte recht, man könne Krycek nicht trauen. Dann betritt Doggett den OP, in dem Scully mit Mulder wartet. Sie hat nun realisiert, wenn sie Mulder am leben erhalten, dann helfen sie nur dem Virus zu überleben. Als Skinner die Maschinen abgeschaltet hat und Mulders Temperatur sank wurde der Virus schwächer. Aber vielleicht könnten sie ihm eine Reihe von Antivirusmitteln geben um ihm zu helfen.
Doggett wird wieder zu Kersh gerufen. Der meint es ginge wohl bei den X-Files alles drunter und drüber, mit einer Beförderung von Doggett würde es nun wohl nichts mehr werden.
Im Krankenhaus wacht derweil Mulder auf. Scully hält seine Hand und vergießt ein paar Freudentränen. "Hat mich jemand vermißt?" fragt er. Als Doggett zurückkommt und sieht was passiert zieht er sich zurück.
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