Colonel Jack O'Neill ist vor einem Jahr aus dem Militärdienst ausgeschieden. Kurz vor diesem Entschluß leitete er eine Expedition durch das Stargate, ein antikes Portal das Reisen in andere Galaxien ermöglicht. Durch General Hammond wird er zurück in den aktiven Dienst berufen als eine Gruppe Ausserirdische durch das Stargate auf die Erde gelangen. Die Soldaten, die es bewachen, werden getötet, und eine Frau entführt. Nachdem die Leichen der Ausserirdischen analyisert und die Aufnahmen der Überwachungskameras ausgewertet worden sind, muß Colonel O'Neill zugeben, das er - entgegen seinem Befehl - die Welt Abydos, die er bei seiner ersten Reise durch das Stargate besucht hat, nicht zerstört hat, und das sich der Wissenschaftler Daniel Jackson, der für tot erklärt worden ist, immer noch dort aufhält. Es wird jedoch schnell klar das die toten Ausserirdischen nicht von Abydos stammen können.
O'Neill stellt einen neuen Einsatztrupp zusammen, bei dem auch seine alten Kameraden Kawalsky und Ferretti mit von der Partie sind. Neu zu der Truppe stößt die Astro-Physikerin Captain Samantha Carter, und zusammen treten sie eine erneuet Reise nach Abydos an. Schnell wird klar, das Jackson Sha're, eine Einheimische die den Soldaten bei ihrem ersten Besuch half, geheiratet hat. Skaara, der Junge der für O'Neill fast schon zum Sohn geworden ist, ist inzwischen zu einem stattlichen Mann heran gewachsen. Doch dies ist nicht die einzige Überraschung die den Einsatztrupp dort erwartet: Jackson hat eine versteckte Kammer entdeckt deren Wände von Hieroglyphen übersäht sind - diese Hieroglyphen scheinen eine Landkarten aller über das Universum verteilten Stargates zu sein.
Während Jackson und seine Freunde die Forschungen voran treiben, überfallen die Ausserirdischen, die bereits die Erde überfallen haben - unter der Leitung der ägyptischen Gottheit Apophis - Abydos. Nach einem kurzen Gefecht entführen sie Sha're und Skaara. Ferretti, der während dieses ungleichen Kampfes stark verwundet worden ist, war in der Lage sich den Hieroglyphen-Code zu merken, der zu der Welt führt, auf den die Ausserirdischen entkommen sind. O'Neill und Jackson nehmen umgehend die Verfolgung auf.
Zusammen mit einer Trupp von Soldaten verfolgen sie die Ausserirdischen auf den Planeten Chulak. Zu ihrem Entsetzen müssen sie feststellen, das Sha're nun Apophis' Königin ist. Eine schlangenartige Kreatur übernahm Besitz von Sha'res Körper und somit die komplette Kontrolle über diesen. Schnell wird klar das diese Goa'ulds - die den Planeten beherrschen - das gesamte Universum bereisen um passende Gastkörper für ihresgleichen zu finden. Kommt die Einsatztruppe SG-1 noch rechtzeitig um Skaara zu retten und vor allem: schaffen sie die Rückreise in der vorgegebenen Zeit? Ansonsten wird General Hammond eine Nuklearwaffe durch das Tor schicken um die Bedrohung ein für allemal zu beseitigen ...
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